Komunizm w wydaniu sowieckim, a taki wprowadzano w PRL, był parodią religii. Nie uznawał żadnej wiary poza tą jedyną, a mianowicie wiarą w nieistnienie Boga, i co jest właściwie absurdem - wiarą w komunizm. Chociaż nigdy precyzyjnie nie określono, czym on jest, to twierdzono, że koniecznym i najbardziej skutecznym środkiem do utorowania drogi dla realizacji komunizmu jest walka z wszelką religią, źródłem zacofania społeczeństwa. Dla wyznawców ustroju komunistycznego głównym wrogiem był Kościół katolicki - duchowieństwo i wierni. Nigdy nie prowadzono walki wprost z religią, ale właśnie z duchowieństwem, stawiając mu zarzuty polityczne i antypaństwowe. Presją fizyczną i psychiczną, torturami, oszustwem zmuszano aresztowanych, aby "przyznali się" do rzekomej winy i dokonali "dobrowolnego" samooskarżenia się. Tego rodzaju wymowę miał sfingowany proces "antypaństwowego ośrodka... którym kierował biskup ordynariusz Rzymsko-Katolickiej Diecezji Kaczmarek Czesław", którego współpracownikiem był rektor kieleckiego seminarium duchownego ks. Szczepan Sobalkowski.
Szczepan Sobalkowski urodził się 23 grudnia 1901 r. w Kromołowie koło Zawiercia, w rodzinie robotniczo-mieszczańskiej Piotra i Franciszki z Kwapiszów. Już w miejscowej szkole podstawowej wykazał się wybitnymi zdolnościami w nauce, pilnością i pracowitością. Zwrócił na siebie uwagę miejscowego wikariusza i prefekta szkoły ks. Kazimierza Błasika. Dzięki jego życzliwości i pomocy pewnej osoby po ukończeniu szkoły podstawowej 1 września 1915 r. mógł rozpocząć naukę w Gimnazjum Męskim w Zawierciu. Ukończył ją z wyróżnieniem egzaminem maturalnym w 1919 roku. W tym samym roku wstąpił do Seminarium Duchownego w Kielcach. Jako wybitnie zdolny i pracowity alumn przeniesiony został z pierwszego na trzeci rok studiów, a po ich ukończeniu w 1923 r. został skierowany na dalsze studia teologiczne do Insbrucka w Austrii. 27 lipca 1924 r. otrzymał święcenia kapłańskie z rąk ks. abp. Weitza. Studia uwieńczył doktoratem z teologii moralnej.
Po powrocie do kraju w 1926 r. ks. Szczepan Sobalkowski został mianowany wikariuszem we Włoszczowie, gdzie proboszczem był ks. Błasik, jego dawny prefekt z Zawiercia. Przeniesiony po upływie miesiąca rozpoczął pracę na wikariacie w Chmielniku. Już wtedy dał się poznać jego talent kaznodziejski. 19 czerwca 1928 r. otrzymał nominację na prefekta gimnazjum bł. Kingi i moderatora Stowarzyszenia Młodzieży Katolickiej pozaszkolnej. Od września 1929 r. był już prefektem Gimnazjum Biskupiego im. Świętego Stanisława Kostki, miesiąc później pełnił również funkcję wykładowcy teologii moralnej w kieleckim seminarium duchownym.
Jako prefekt gimnazjum ks. Sobalkowski wykazał się doskonałym talentem wychowawczym. Był z uczniami zawsze - przy kształceniu umysłu i sumienia, a także w czasie wypoczynku. Z uczniami ze szkolnej drużyny harcerskiej wyjeżdżał na wycieczki, obozy i biwaki, wtedy także zaprawiał ich do modlitwy, gromadził na Mszy św., zachęcał do przeżywania świąt patriotyczno-religijnych. Jeden z uczniów tak wspomina kazania prefekta:, "To nie były słowa, ten kaznodzieja mówił całym sobą. Po tej mowie człowiek był poruszony, zapalony jak ogniem. To było potrzebne nam młodym".
Należy pamiętać, że ks. Sobalkowski już wtedy był kaznodzieją chętnie słuchanym nie tylko w Kielcach, ale w całej Polsce. Kielecki kapłan, duszpasterz akademicki w Warszawie i organizator pieszych pielgrzymek studenckich na Jasną Górę, ks. Tadeusz Jachimowski zapraszał go do głoszenia kazań radiowych, stanowych i pasyjnych. O skuteczności pracy wychowawczej ks. Sobalkowskiego najlepiej świadczył jego konfesjonał, zawsze oblegany przez młodzież, jak również przez ludzi starszych. Funkcję prefekta pełnił ks. Sobalkowski do 1935 r., a następnie przez rok był dyrektorem gimnazjum. 6 sierpnia 1936 r. został mianowany wicerektorem seminarium duchownego i nadal wykładał teologię moralną i fundamentalną. 13 października 1938 r. nowy ordynariusz diecezji ks. bp Czesław Kaczmarek mianował go profesorem historii religii w założonym Instytucie Wyższej Kultury Religijnej w Kielcach. Pełniąc te funkcje, ks. Sobalkowski w każde wakacje wyjeżdżał za granicę - do Francji, Niemiec i Austrii. Udzielał się w duszpasterstwie i doskonalił znajomość języków obcych.
Ksiądz biskup Czesław Kaczmarek wysoko oceniał zdolności i pracowitość ks. dr. Szczepana Sobalkowskiego. Widział w nim utalentowanego wychowawcę młodzieży. Dlatego od października 1938 r. zlecił mu obowiązki diecezjalnego asystenta Katolickiego Stowarzyszenia Młodzieży Męskiej, a 27 czerwca 1939 r. mianował go dyrektorem gimnazjum biskupiego, a następnie referentem spraw katechetycznych w kurii kieleckiej. Jednocześnie ks. Sobalkowski został zwolniony z obowiązków seminaryjnych. Do wykładów z teologii moralnej wrócił w 1940 roku. Zamieszkał w budynku obok gimnazjum. Mimo że u początku okupacji niemieckiej mieszkanie to znajdowało się pod bokiem żandarmerii niemieckiej, która zajęła budynek gimnazjum, ks. Sobalkowski włączył się w pracę konspiracyjną. Ukrywał u siebie żydowskie małżeństwo Walterów z Wielunia. Przygotował ich do przyjęcia sakramentu chrztu św. i w 1942 r. przewiózł do Miechowa, oddając pod opiekę proboszcza ks. Jana Widłaka. Walterowie przeżyli lata wojny.
Władze okupacyjne nie zezwoliły na otwarcie gimnazjum, w związku z czym ksiądz dyrektor włączył się w nauczanie na tajnych kompletach.
Przystąpił również do NSZ. Ordynariusz wyznaczył go na stanowisko szefa kapelanów okręgu V (radomsko-kieleckiego) NSZ. Występował pod pseudonimami: "Andrzej Bobola", "ks. Andrzej Sokołowski". Leśnemu wojsku udzielał posług religijnych.
2 czerwca 1945 r. ks. bp Kaczmarek mianował ks. Sobalkowskiego rektorem kieleckiego seminarium duchownego. Znaczna część budynku seminaryjnego była zajęta przez szpital i szkołę pielęgniarską. Klerycy zmuszeni byli zmieścić się w kilku wolnych pomieszczeniach, a także w budynku gospodarczym. Księża profesorowie, często pozbawieni wcześniej rzeczy osobistych, mieszkali prywatnie w mieście. Ksiądz rektor prowadził długie i uciążliwe starania u władz państwowych o odzyskanie całości gmachu seminaryjnego, co nastąpiło na wiosnę 1947 roku. Wiele starań, rozłożonych w czasie, podejmował dla materialnego zabezpieczenia funkcjonowania seminarium. Tymczasem warunki te pogorszyły się w związku z otwarciem niższego seminarium w 1947 roku. Niższe seminarium dawało nadzieję na wzrost powołań kapłańskich, których szeregi mocno przerzedziły się podczas wojny. Z pomocą dla seminarium przyszły darowizny ziemi od kilku osób. Podejmowane wtedy próby rozwinięcia seminaryjnego gospodarstwa niestety nie przyniosły oczekiwanych efektów. W tej sytuacji darowizny areałów ziemi spieniężono. We wszystkich trudnych przedsięwzięciach rolę decydującą miał ksiądz rektor.
Troszcząc się o byt materialny seminarium, nie zaniedbał też spraw związanych z rozwojem duchowym i umysłowym kandydatów do kapłaństwa. W przeżyciach alumnów mocnym akcentem odbiły się ważne wydarzenia religijne i historyczne. Ich głównym inicjatorem, zaprawiającym do działania zarówno kleryków, jak i profesorów, był ks. rektor Sobalkowski. 16 listopada 1947 r. w seminarium uroczyście obchodzono srebrny jubileusz kapłaństwa biskupa ordynariusza. 28 czerwca 1948 r. seminaria - wyższe i niższe - poświęciły się Najświętszemu Sercu Jezusowemu. W tym akcie uczestniczył ks. kard. August Hlond, Prymas Polski. 24 listopada 1948 r. na terenie całej diecezji i w seminarium duchownym uczczono księży, alumnów i świeckich, którzy byli ofiarami hitlerowskiej agresji na Polskę. Na uroczystość przybyli biskupi z Łodzi, Tarnowa, Opola i Olsztyna. Ksiądz biskup Kaczmarek w kościele seminaryjnym odsłonił tablicę ku czci byłego rektora seminarium, dziś bł. ks. Józefa Pawłowskiego, zamordowanego w Dachau. Na klatce schodowej odsłonięto tablicę pamiątkową z nazwiskami trzynastu księży i trzech alumnów ofiar wojny. Te wydarzenia i całe życie seminaryjne tych lat miały miejsce przy wzmożonej nagonce na ordynariusza diecezji ks. bp. Czesława Kaczmarka. Nieustannej inwigilacji służb reżimowych PRL poddawany był również ksiądz rektor Szczepan Sobalkowski. Wtedy kraty więzienne w Polsce zamykały się za konspiracyjnymi żołnierzami AK i NSZ, a rektor w czasie wojny był jednym z nich.
Wreszcie 20 czerwca 1950 r. na przesłuchanie w UB wezwany został ks. Szczepan Sobalkowki. Powodem były jego wojenne związki z NSZ. Przez trzy miesiące przebywał w lochach UB i poddawany był uciążliwemu śledztwu. Do seminarium wrócił 15 września wyczerpany przesłuchaniami. Po powrocie udał się na dwutygodniowy wypoczynek do klasztoru w Świętej Katarzynie. Obawiając się aresztowania ordynariusza, rektor z profesorami przygotowali kleryków z ostatniego roku studiów do wcześniejszego przyjęcia święceń kapłańskich. 17 grudnia 1950 r. ks. bp Kaczmarek udzielił im sakramentu kapłaństwa. Był to rocznik wyświęconych księży, którzy wyszli "całkowicie spod ręki obecnego księdza rektora". Ci kapłani byli pełni uznania dla ks. bp. Czesława Kaczmarka i dla księdza rektora Szczepana Sobalkowskiego, że przez niezwykle trudne lata po zakończeniu okupacji niemieckiej doprowadzili ich do kapłaństwa.
31 sierpnia 1951 r. ksiądz rektor dr Szczepan Sobalkowski został powtórnie aresztowany i osadzony w mokotowskim więzieniu w Warszawie. Był przygotowywany do roli świadka w sfingowanym procesie ks. bp. Kaczmarka. Jako rektor seminarium duchownego uznany został za jednego ze współpracowników "antypaństwowego ośrodka", którym kierował "Kaczmarek Czesław". Długie miesiące śledztwa, prowadzonego w oparciu o wzory sowieckie i pod nadzorem oficerów sowieckich, miały doprowadzić aresztowanego do takiego stanu, by zrezygnował z oporu, przyznał się do niepopełnionych czynów. Dlatego utrzymywano go w ciągłym napięciu nerwowym. Metody stosowane w śledztwie polegały na torturowaniu psychicznym i fizycznym aresztowanego. Takie śledztwa przeważnie prowadziły do złamania woli oskarżonego, przetrzymywali je tylko nieliczni. Załamywali się nawet wyżsi oficerowie tzw. procesów tatarowskich, bohaterzy z frontów walki z okupantem hitlerowskim. Ksiądz Szczepan Sobalkowski do "czegoś" się "przyznał", dlatego wyznaczono mu rolę świadka w procesie ordynariusza. Podczas procesu przeczytał spreparowane wcześniej przez prokuraturę pismo - o nic jednak nie oskarżał biskupa ordynariusza ani nikogo z aresztowanych księży.
Ksiądz Szczepan Sobalkowski stanął przed Wojskowym Sądem Rejonowym w Warszawie w czerwcu 1954 roku. Oskarżał prokurator mjr Teofil Kot, obrońcą z urzędu był adwokat Feliks Somaicki. W oskarżeniu uznano ks. Sobalkowskiego za współpracownika "antypaństwowego ośrodka", którym kierował ks. bp Czesław Kaczmarek. Na podstawie kazań i prac publikowanych jeszcze przed wojną uznano go za zdecydowanego wroga ustroju socjalistycznego i ZSRR. Pojawił się zarzut lojalności wobec Niemców i agitacji ludności polskiej do walki przeciw ZSRS i ruchowi lewicowemu w Polsce, czyli do zmiany ustroju w PRL. W kazaniach miał stawiać Hitlera za wzór dla polskiej młodzieży. Łatwo zauważyć absurdalność takich zarzutów. Groźne jednak było to, że społeczeństwu polskiemu w wielonakładowej prasie, radiu przedstawiano tak fałszywe zarzuty. Komuniści czynili wszystko w tym celu, aby zohydzić nie tylko księdza, ale i Kościół katolicki oraz wiarę w Narodzie. Ponadto ks. Sobalkowskiemu zarzucano przynależność i posługę duszpasterską w latach okupacji, dla "żołnierzy wyklętych" z NSZ, gdzie pod pseudonimem "Andrzej Bobola", był szefem kapelanów w Okręgu V radomsko-kieleckim. Z lat powojennych, gdy wiele troski wkładał w uruchomienie normalnego funkcjonowania seminarium, oskarżano go o wychowanie księży i alumnów w duchu wrogości wobec władzy ludowej i ustroju socjalistycznego. Miał wspierać PSL kierowane wtedy przez Stanisława Mikołajczyka oraz nieuznawane przez państwo Stronnictwo Pracy. Oskarżeniem było niepodpisanie w 1950 r. wraz z wieloma księżmi kieleckimi Apelu Sztokholmskiego, hasła sztandarowego walki o pokój krajów obozu socjalistycznego. Do tych zarzutów natury politycznej prokuratura wojskowa dołożyła jeszcze jeden, a mianowicie posiadanie obcych walut i handel nimi, co było zakazane w PRL. Rzeczywiście seminarium duchowne gromadziło walutę obcą pochodzącą z zagranicy i darowizn, przygotowywano się bowiem do rozbudowy gmachu na potrzeby niższego seminarium. Jeden z torturowanych psychicznie księży zdradził tę "tajemnicę". 25 sierpnia 1950 r. funkcjonariusze UB zabrali dolary i dystynktorium kanonickie ukryte w ogrodzie seminaryjnym. Według prokuratora WSR, ksiądz rektor mający pieczę nad walutą obcą dopuścił się przestępstwa.
Wyrokiem WSR w Warszawie z 24 czerwca 1954 r. ks. Sobalkowski został skazany na łączną karę siedmiu lat więzienia, utratę praw publicznych i obywatelskich na cztery lata i przepadek mienia na rzecz Skarbu Państwa. Ksiądz rektor był więziony w mokotowskim więzieniu w Warszawie, następnie w Sztumie, a ostatnie miesiące przed zwolnieniem spędził we Wronkach. W 1955 r. więzienie opuściło kilku księży kieleckich aresztowanych w związku ze sprawą ks. bp. Kaczmarka, podczas gdy ks. Sobalkowski nadal przebywał za kratami.
Tymczasem więzień chorował na żółtaczkę, serce i reumatyzm. Z tego powodu były podejmowane interwencje u władz najwyższych w Warszawie. Kielecka Kuria Diecezjalna skierowała 17 maja 1955 r. prośbę do Rady Państwa o przedterminowe zwolnienie. W tej sprawie 5 października 1955 r. ks. bp Franciszek Sonik przesłał pismo do Prokuratury Generalnej w Warszawie, a następnie 19 listopada 1955 r. prosił o interwencję ks. bp. Zygmunta Choromańskiego, sekretarza Episkopatu Polski. Nawet brat ks. Szczepana skierował prośbę o wcześniejsze zwolnienie z więzienia do przewodniczącego Rady Państwa - gen. Aleksandra Zawadzkiego. Żadnej odpowiedzi na te prośby nie było. Zachowały się dwa listy więźnia do ks. bp. Sonika. Jeden z 9 sierpnia 1954 r. - prośba o dostarczenie mu do więzienia brewiarza i Pisma Świętego.
Prośba została spełniona przez ks. Tadeusza Grabka, za co w drugim liście więzień dziękował biskupowi.
Dopiero nadchodząca "odwilż październikowa" przyspieszyła zwolnienie ks. Szczepana Sobalkowskiego z więzienia, które nastąpiło w kwietniu 1956 r., a więc długo po tym, jak wypuszczeni zostali inni księża kieleccy. Po powrocie z więzienia ks. Sobalkowski objął na nowo stanowisko rektora seminarium, czym poczuły się zaniepokojone kieleckie władze wojewódzkie. 29 sierpnia 1956 r. Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Kielcach skierowało pismo do zarządzającego diecezją ks. bp. Franciszka Sonika, w którym wyraziło sprzeciw wobec powrotu księży Sobalkowskiego i Jaroszewicza na stanowiska zajmowane przed uwięzieniem. Domagano się, by tych księży oraz ks. Wojciecha Piwowarczyka, ojca duchownego seminarium, przenieść na placówki duszpasterskie poza Kielcami. Wyznaczono termin - do 15 września, na dokonanie przenosin księży. Terenowe władze nie dostrzegały zbliżających się zmian politycznych w kraju. Tymczasem ograniczono zakres państwowego dekretu z 9 lutego 1952 r. o konieczności zgody władz wojewódzkich na nominacje na stanowiska kościelne. Odtąd już mianowanie wikariuszy na parafie nie było uzgadniane z Urzędem ds. Wyznań. Ksiądz dr Szczepan Sobalkowski pozostał na stanowisku rektora seminarium duchownego.
Na prośbę ordynariusza diecezji kieleckiej, ks. bp. Czesława Kaczmarka, Papież Pius XII, 3 czerwca 1957 r. mianował ks. dr. Szczepana Sobalkowskiego biskupem tytularnym medelitańskim i sufraganem kieleckim. Nominat odprawił rekolekcje zamknięte pod kierunkiem o. Jana Roztworowskiego u jezuitów w Warszawie. Sakrę biskupią otrzymał w Kielcach 11 lutego 1958 r. wraz z ks. Janem Jaroszewiczem z rąk ordynariusza diecezji ks. bp. Czesława Kaczmarka. Niestety, lata ciężkiego więzienia, a przede wszystkim wyniszczającego śledztwa spowodowały, że biskup nominat nie miał sił, by dojść do katedry w dniu swojej konsekracji. Następnego dnia po obrzędach święceń biskupich, wczesnym rankiem, ks. bp Sobalkowski udał się do Częstochowy. O godz. 6.30 rozpoczął Mszę św. przed Cudownym Obrazem Matki Bożej. Odmawiając jeszcze w języku łacińskim spowiedź powszechną, osunął się na ręce paulina o. Justyna Marczewskiego, swojego ministranta. Nastąpił nagły zgon. Z pewnością przeżycia z komunistycznego śledztwa i lata więzienia miały wpływ na przedwczesną śmierć ks. bp. Szczepana Sobalkowskiego. Pogrzeb nagle zmarłego biskupa sufragana kieleckiego zgromadził przy trumnie kilkunastu biskupów polskich i tysiące wiernych z Kielc i z okolic miasta. Na zakończenie uroczystości pogrzebowych 15 lutego 1958 r. ks. bp ordynariusz podkreślił szczególne u zmarłego umiłowanie Matki Najświętszej, modlitwy i kieleckiego seminarium duchownego, nazywając go sufraganem niebieskim diecezji kieleckiej.
Na cześć zmarłego ks. bp. Szczepana Sobalkowskiego ufundowano w kościele seminaryjnym Świętej Trójcy w Kielcach marmurową tablicę - epitafium. Nieprzypadkowo jest ona umieszczona przy ambonie, z której jakże często przemawiał zmarły ksiądz rektor. Wymowne jest to, że tablicę zaprojektował artysta pochodzenia żydowskiego prof. Mieczysław Lubelski w Londynie. W czasie wojny był ukrywany przed okupantem niemieckim przez ks. bp. Czesława Kaczmarka. Ta tablica powstała staraniem ks. dr. Adama Ludwika Szafrańskiego, następcy zmarłego biskupa na stanowisku rektora Wyższego Seminarium Duchownego w Kielcach