W 1946 r. powojennym życiem mieszkańców Kielc wstrząsnęły dwa wydarzenia. Pierwszym z nich był tzw. pogrom kielecki, który miał miejsce 6 lipca. Wielu kielczan znało genezę tego zbiorowego mordu i prawdziwych jej sprawców. Jednak sąd winą obarczył niewinnych ludzi, zapadły surowe wyroki. Podczas drugiego wydarzenia, które miało miejsce 23 września 1946 r., milicjant zastrzelił proboszcza z Karczówki, idącego do szkoły, by katechizować dzieci. Prokurator wojskowy z Kielc sugerował podczas rozprawy, że Kościół chciał tej zbrodni nadać zabarwienie polityczne. Przeciw takiej interpretacji protestowała kuria kielecka.
Nadto kielczanie pamiętali, jak w sierpniu 1945 r. legendarny partyzant "Szary" - Antoni Heda rozbił więzienie w Kielcach i uwolnił z niego około 700 AK-owców i WiN-owców. Dla wielu mieszkańców Kielc rysował się jasny obraz powstającego PRL. Z nadania sowieckiej Rosji władzę na ziemiach polskich przejmowali komuniści. Nie mieli oni poparcia w społeczeństwie polskim, podobnie jak i w samych Kielcach, więc rozpoczęli ludowe rządy od terroru i mordów.
Stanisław Ziółkowski, syn Tomasza i Agnieszki z Cebulów, urodził się 9 lipca 1904 r. we wsi Mierzanowice, w powiecie opatowskim. Do szkoły podstawowej uczęszczał w Wojciechowicach, a w 1920 r. rozpoczął naukę w drugiej klasie gimnazjum w Opatowie. Po ukończeniu sześciu klas rozpoczął naukę w liceum funkcjonującym przy seminarium duchownym, a następnie studiował tam filozofię i teologię. W opinii rektora, alumn Ziółkowski odznaczał się wielką pilnością w studiach, był uczciwy, miał usposobienie żywe, charakter porywczy i gwałtowny, zawsze chętny do działania. Wkładał dużo wysiłku w przyswajanie wiedzy i w pracę nad sobą. 10 czerwca 1933 r. otrzymał święcenia kapłańskie z rąk ks. bp. Augustyna Łosińskiego, po czym przez krótki czas był wikariuszem w Kozłowie Miechowskim, a od 17 lipca 1933 r. był już na wikariacie w Pilicy. Ksiądz proboszcz Mieczysław Froelich darzył go wielkim zaufaniem i dawał mu dużo swobody w działaniu. Wikariusz jednak często przekraczał swoje kompetencje, narażał się na osobiste przykrości, ale i parafię obciążał długami. Widząc jego aktywność i samodzielność w działaniu 21 czerwca 1934 r. władza diecezjalna skierowała go na wikariat w parafii Janina z zamiarem utworzenia nowej parafii we wsi Widuchowa k. Buska Zdroju.
Znajdował się tam majątek, który w 1729 r. bp krakowski Konstanty Szaniawski przekazał na uposażenie powstałego w Kielcach seminarium duchownego. Po Powstaniu Styczniowym majątek został zabrany Kościołowi i przekazany generałowi carskiemu, tłumiącemu polskie powstanie. Po 1918 r. majątek należał do rosyjskiej księżnej K. Wachwachowff. W majątku znajdowała się duża kaplica Matki Bożej Częstochowskiej. W związku z potrzebą duszpasterską utworzenia nowej parafii, ordynariusz kielecki odkupił od księżnej około 6 ha ziemi ze znajdującą się na niej kaplicą. Niestety nie dopełniono rejentalnie umowy i część pieniędzy przepadło. Dodatkowo miejscowa ludność była niechętna powstaniu parafii i nie udzieliła ks. Ziółkowskiemu żadnego poparcia. Księżna sprzedała majątek, a ksiądz znalazł się na krawędzi ubóstwa. Dziekan ze Stopnicy poinformował ordynariusza, że "Ks. Ziółkowski mimo całej gorliwości i chęci do pracy już nic tam nie zrobi, gdyż zastał położenie załamane i sam się zniechęcił tak, że nie jest w stanie tchnąć w parafię nowego ducha. Jest on od dłuższego czasu w takiej nędzy materialnej, że już wprost słuchać tego nie mogę".
Ksiądz Ziółkowski z początkiem stycznia 1936 r. został przeniesiony najpierw do Pińczowa, a później do Daleszyc. Tu dzięki proboszczowi po ciężkich przeżyciach wrócił do równowagi psychicznej, oddał się gorliwej pracy społeczno-oświatowej, zyskał uznanie parafian. Podobnie od listopada 1936 r. gorliwie pracował w Kijach.
Jego starszy kolega z seminarium, ks. Jan Oficjalski, wówczas od lat przebywający w Belgii, obiecał ks. Ziółkowskiemu kapelanię po sobie w Liè ge i możliwość studiów na uniwersytecie, sam zaś twierdził, że zamierza wrócić do kraju. Władza diecezjalna zezwoliła na wyjazd za granicę latem 1937 roku. Tymczasem kolega obietnicy nie dotrzymał. Zawiedzionemu księdzu z pomocą przyszedł ks. Prymas August Hlond, który umieścił ks. Ziółkowskiego na placówce duszpasterskiej blisko Lille. W maju 1939 r. władze miejscowego departamentu wydały ks. Ziółkowskiemu nakaz opuszczenia Francji. Powodem miał być "wojowniczy patriotyzm" kapłana. Rzekomo miał "odmawiać Polakom przyjmowania obywatelstwa francuskiego". Interweniowały władze polskie i dzięki nim ks. Ziółkowski pozostał we Francji i rozpoczął studia na Uniwersytecie Katolickim w Lille.
W sierpniu 1939 r. ks. Ziółkowski przyjechał na wakacje do Polski. W dniach powszechnej mobilizacji wojskowej, na początku wojny, nie czekał na wezwanie, ale przyłączył się do przypadkowo napotkanego oddziału wojskowego i pełnił w nim funkcję kapelana aż do kapitulacji. Nabawił się wówczas ciężkiej choroby. W krótkim czasie po jej zaleczeniu od 11 lutego 1940 r. pracował już jako wikariusz w Jędrzejowie, a następnie w Piekoszowie. Przyzwyczajony do innego stylu życia we Francji, swoim proboszczom, bez złej woli, stwarzał wiele kłopotów. Nadal był nad wyraz aktywny w duszpasterstwie, dużo udzielał się na niwie społeczno-charytatywnej. Nie uszło to uwagi Niemców. 11 grudnia 1940 r. w Piekoszowie ks. Ziółkowski został aresztowany, gdy parafianie nie oddali kontyngentu zboża i ziemniaków. Udało mu się jednak opuścić areszt po udowodnieniu, że nie należał do komisji kontyngentowej.
3 lipca 1941 r. ks. Ziółkowski został mianowany wikariuszem w Skalbmierzu. Dalej udzielał się na niwie społecznej. W rozległej parafii zakładał przedszkola i ochronki, działał w "Caritas". Został kapelanem tamtejszej placówki AK, przyjmując pseudonim "Stuła". Niemcy uważnie śledzili jego działalność. 4 stycznia 1943 r. został przeniesiony na wikariat do Masłowa i tu nadal działał w konspiracyjnym wojsku. Pół roku później został aresztowany, ale nieomal cudownie uciekł z aresztu. Odtąd ukrywał się aż do zakończenia okupacji, pełniąc obowiązki kapelana AK.
21 sierpnia 1945 r. ks. Ziółkowski został administratorem parafii św. Karola Boromeusza na Karczówce w Kielcach. Z właściwą sobie energią zabrał się do pracy. Dążył do usamodzielnienia materialnego probostwa i uniezależnienia się od mieszkających w byłym klasztorze pobernardyńskim sióstr sercanek. Był wrażliwy na biedę parafian, której nie brakowało po zakończeniu okupacji niemieckiej. Wszędzie kołatał o pomoc. Szczególną troską i miłością otaczał biedne dzieci, czym zyskiwał uznanie parafian. Gdy chodziło o zasady religijne, był nieustępliwy. W dobrze opracowanych i konkretnych kazaniach zwalczał wszelkie przejawy nieprawości i niemoralności. Jego styl pracy duszpasterskiej można krótko określić jako nieustępliwy w sprawach Bożych i zawsze odważny pomimo doznawanych przykrości.
23 września 1946 r. ks. Ziółkowski zdążający około godziny 9.00 na katechizację do szkoły w Czarnowie, został zastrzelony przez dziewiętnastoletniego milicjanta Bolesława Bajera, kursanta przeszkoleń szeregowców Komendy Wojewódzkiej MO w Kielcach. Według jednej z podziemnych gazet, zabójca strzelał z automatu, oddając 5 strzałów, przy czym ostatni wymierzony był do leżącego, już martwego księdza. Przybyły na miejsce zbrodni ordynariusz kielecki ks. bp Czesław Kaczmarek zastał księdza "jeszcze leżącego z głową roztrzaskaną od kul". Obrzędom pogrzebowym zamordowanego kapłana i konduktowi pogrzebowemu z kaplicy szpitalnej, pod nieobecność ordynariusza, przewodniczył sufragan ks. bp Franciszek Sonik, a pożegnanie nad trumną wygłosił ks. Roman Zelek, proboszcz kieleckiej katedry. W mocnych słowach niedwuznacznie ukazywał okoliczności morderstwa. W pogrzebie wzięło udział około 100 księży i 20 000 wiernych. Ciało zmarłego kapłana rodzina zabrała do rodzinnej parafii Wojciechowice.
Ówczesne władze partyjne i prokuratura wojskowa przedstawiały tę zbrodnię w nieprawdziwym świetle. Najpierw podprokurator Wojskowej Prokuratury Rejonowej informował przełożonych o politycznej wymowie pożegnania nad trumną, które wygłosił ks. Zelek. Komitet Wojewódzki PPR powiadomił centralne władze partii, że zabójcą księdza był milicjant należący do partii, że motywy zbrodni miały charakter osobisty, i że za zbiegłym przestępcą rozesłano listy gończe. Zabójcę schwytano w Sosnowcu 16 października 1946 r. i osadzono w więzieniu w Kielcach. Jednak nie powiadomiono o tym władz kościelnych. Świadczy o tym fakt, że w miesiąc po dokonanej zbrodni, wikariusz generalny diecezji, ks. dr Kazimierz Dworak, wystosował list do premiera Edwarda Osóbki-Morawskiego, w którym podał wszystkie szczegóły morderstwa i domagał się intensyfikacji śledztwa w celu ujęcia ukrywającego się sprawcy zbrodni. Śledztwo prowadziła wojskowa prokuratura.
7 marca 1947 r. Wojskowy Sąd Rejonowy w Kielcach rozpatrywał sprawę B. Bajera oskarżonego o dezercję i zamordowanie ks. Ziółkowskiego. Kielecka gazeta wyjaśniając okoliczności i tło morderstwa, sugerowała, że morderstwu "pewne czynniki usiłowały nadać cechy zbrodni na tle politycznym". W sugestii prasowej tymi pewnymi czynnikami była strona kościelna. Kuria kielecka wystosowała protest do premiera Osóbki-Morawskiego w związku z aluzjami prokuratora mjr. Kazimierza Goczewskiego pod adresem kieleckich władz kościelnych.
Ta sama prasa, na podstawie zeznań świadków, informowała o konflikcie między proboszczem a rodziną Bajerów, mieszkającą na terenie parafii, której nikt z sąsiadów nie darzył sympatią. Proboszcz odmówił pogrzebu katolickiego ojcu późniejszego zabójcy i jego bratu Franciszkowi, zranionemu śmiertelnie "w bójce" przez milicjanta. Sprawozdawca prasowy, po myśli komunistycznych recenzentów procesu, tak wnioskował o tle zbrodni: "Pod wpływem tych ciosów, oskarżony kursant szkoły milicyjnej wpada w manię prześladowczą, tłumacząc sobie, że powodem wszystkich nieszczęść, jakie spadają na jego rodzinę jest śp. proboszcz Ziółkowski. Urojenia te prześladują go przez kilka miesięcy i doprowadzają go do uknucia zbrodniczego planu. Wykrada broń z 67 nabojami, ucieka z milicji i czatuje w pobliżu plebanii na księdza; wychodzącego z domu terroryzuje, wyprowadza do lasu i zabija 5 wystrzałami". Sprawca zbrodni w sądzie nie bronił się i popełnionego czynu nie żałował. Po linii sprawozdawcy prasowego poszedł również psychiatra, który w ekspertyzie napisał: "Zdolność rozpoznania zabójstwa jako czynu karalnego była u niego zachowana, jednak zdolność do kierowania swym postępowaniem była zmieniona pod wpływem urojeń prześladowczych".
Wojskowy Sąd Rejonowy w Kielcach uznał Bolesława Bajera winnym dezercji oraz zabójstwa w stanie silnego wzruszenia i skazał go na 10 lat więzienia, od razu zmniejszając karę na mocy amnestii o jedną trzecią. W 1950 r. prezydent Bierut prawem łaski darował mu resztę kary.
W kościelnej opinii na temat zabójstwa księdza z Karczówki zapisano: "Ks. Ziółkowski był czułym i wrażliwym na wszelką nieprawość, kazania jego wymowne i zapalne ściągały licznych słuchaczy, stawały się tematem żywych dyskusji i rodziły przeciwników, którzy mu nawet odgrażali... i na tym tle powstała kolizja z pewną rodziną w jego parafii. Ojciec tej rodziny, znany w okolicy ze swych poglądów bezbożniczych, wyrzucił obrazy święte ze swojego domu, a potem wraz ze swoimi dwoma do siebie podobnymi synami sponiewierał proboszcza chodzącego w tym roku po kolędzie".
Według innej wersji zdarzeń, ks. Ziółkowski próbował też skłonić Bajera do kościelnej legalizacji swego związku małżeńskiego, gdyż nie zachodziły żadne przeszkody do zawarcia ślubu kościelnego. Później, po tym incydencie, w czasie kolędy proboszcz odmówił katolickiego pogrzebu ojcu zabójcy, a następnie bratu. Pogrzeb brata prowadził kapelan wojskowy.
Przyszły morderca, Bolesław Bajer, od zakończenia wojny był współpracownikiem milicji. Od 7 maja 1945 r. pracował jako informator Wydziału Śledczego Komendy Miejskiej MO w Kielcach. Przez pewien czas przygotowywał się do morderstwa, próbował dokonać tego nawet w kościele. W notatce przechowywanej w Archiwum Diecezjalnym w Kielcach zapisano o zabójcy: "W poniedziałek 23 września br. (1946) widziano go w mundurze milicjanta z karabinem, jak od rana oczekiwał przed kościołem. Kiedy ks. Ziółkowski ok. 9-tej udawał się ścieżką poza kościołem do szkoły w (Czarnowie), wedle twierdzenia miejscowych mieszkańców, i zabójca podążył w tym samym kierunku. Niedługo potem rozległo się pięć strzałów i widziano jakiegoś milicjanta kierującego się z lasku karczówkowskiego w stronę szosy wiodącej do Krakowa".
W dalszej przyszłości władze PRL usiłowały nadać tej zbrodni charakter porachunków osobistych, stąd podczas rozprawy sądowej, zabójcę uznano winnym najpierw dezercji, a następnie zabójstwa.
Zupełnie inaczej zbrodnię i jej genezę oceniało społeczeństwo. W opinii publicznej dominował pogląd, że zabójca "w bezbożnej rodzinie wychowany był w pogardzie i nienawiści do kapłana katolickiego... że ks. Ziółkowski padł ofiarą swego powołania kapłańskiego, że jest ogniwem tego łańcucha ofiar, które zostały już złożone rękami bezbożników i kainów na naszej ziemi tak obficie zroszonej krwią katolickich kapłanów". Tę trafną opinię można rozwinąć, że przez wszystkie lata swojego kapłaństwa ks. Stanisław Ziółkowski był troskliwym, pełnym poświęcenia duszpasterzem. Również podczas pobytu we Francji ofiarnie służył rodakom na emigracji, umacniając ich w miłości Boga i własnej Ojczyzny. W latach wojny służył konkretną pomocą rodakom doświadczanym przez wielorakie ciężary okupacji niemieckiej. Był kapłanem wśród tych, którzy z bronią w ręku stanęli przeciw okupantowi. Jako proboszcz jasno i odważnie wskazywał drogę do Boga, nauczał, pocieszał i upominał błądzących. Zadana mu śmierć była konsekwencją jego pasterskiej służby. Gorliwi kapłani już od początków PRL nie byli mile widziani przez partyjno-rządowe władze. Ksiądz Stanisław Ziółkowski zapisany został na liście kapłanów diecezji kieleckiej, ofiar bezbożnego systemu PRL obok: ks. Antoniego Walochy, ks. dr Piotra Oborskiego i ks. Stanisława Palimąki.
Na kieleckiej Karczówce, w mieście i okolicy, ciągle trwa żywa pamięć o zamordowanym proboszczu. W miejscu, gdzie rozegrała się tragedia, stoi odnowiony krzyż, znak Chrystusa, który zwyciężył śmierć, piekło i szatana. W przedsionku poklasztornego kościoła na Karczówce znajduje się pamiątkowa tablica z 1996 roku. Pamięć bohaterskiego kapłana i Polaka utrwala Towarzystwo Przyjaciół Karczówki.